GEO入门教程 | 如何利用GEO数据库筛选适合自己的数据集

如何利用GEO数据库筛选适合自己的数据集GEO(GENE EXPRESSION OMNIBUS)数据库是由美国国立生物技术信息中心(NCBI)于2000年创建的基因表达数据库,收录了世界各国研究机构提交的基因表达数据,主要包括肿瘤、非肿瘤、芯片、NGS、差异分析、分子验证等各种公开数据。目前已发表的论文中涉及到基因表达检测的数据都可以通过GEO数据库找到,并且是免费使用。以下是如何利用GEO数据库筛选适合自己的数据集的详细步骤:一、了解GEO数据库中的数据层级GEO数据库中的数据有四个层级,分别是GPL、GSE、GDS和GSM。理解这四个层级是进行数据检索的基础:GPL:对应一个实验平台的信息,包括芯片探针的设计和注释信息。GSE:指整个研究项目的系列数据,通常对应一篇完整的论文,会涉及一到多个实验平台(GPL)。GDS:对应同一个实验平台的数据集,高质量的GSE数据集会被官网拆分、整理好放在Datasets和Profiles中

生物信息学数据库使用教程(八):GEO数据库使用教程及在线数据分析工具

GEO数据库使用教程及在线数据分析工具:一、GEO数据库简介 定义:GEO数据库,全称为NCBI的基因表达综合数据库,自2000年起收纳了全球科研机构的高通量基因表达数据,这些数据均来自已发表论文,且免费开放。 结构:数据库结构丰富,包括平台、样本、系列和数据集四个基本实体。 访问方式:用户可直接通过ncbi.nlm.nih.gov/geo进行检索。二、GEO数据库检索 关键词筛选:用户可以通过关键词进行筛选,例如“肺癌相关数据”。 显示与排序:每页显示量和排序方式可根据用户需求自选。 数据类型:GEO数据类型多样,涵盖microarray、蛋白质组学等。三、GEO数据库实体解析 平台:代表特定的实验技术或测量平台。 样本:记录单个样本的处理条件和测量值。 系列:定义了一组相关的样本和实验描述。 数据集:精选样本集合,具有生物学意义,通常基于同一平台,确保数据处理一致性。四、在线数据分析工具

可能是史上最好懂的的GEO数据库入门教程

GEO数据库入门教程的要点如下:GEO数据库简介:定义:GEO,全称为Gene Expression Omnibus,是全球最大的基因表达数据共享平台。价值:无论研究肿瘤、非肿瘤、基因芯片、NGS还是分子验证,GEO都能提供所需数据,并支持在线分析。GEO数据库的核心内容:数据类型:包括原始和处理后的高通量基因表达数据。存储形式:数据以GEO DataSets和GEO Profiles两种形式存储。数据组织结构:从Platforms到Sample,形成层次分明的结构。GEO数据库的数据类型与全面性:收录数据类型:GEO收录了多种类型的数据,如芯片和测序数据,确保了研究的全面性。GEO数据库的检索与使用:检索方式:在GEO官网,可以根据数据类型、平台或系列进行检索。例如,使用Entrez的GEO Profiles检索特定基因,或使用GEO Datasets查找特定实验设计。检索结果:检索结果详尽,提供了数据集的分析工具和样本信息

轻松搞定三视图:圆柱、正三棱柱、圆锥——GeoGebra制作教程

使用GeoGebra制作圆柱、正三棱柱、圆锥的三视图,可以按照以下步骤进行:构造立体图形:使用指令快速创建立体图形。例如,使用圆柱指令a = 圆柱, , 1)创建圆柱;使用棱柱指令b = 棱柱创建正三棱柱;使用圆锥指令i = 圆锥, , 1)创建圆锥。设置显示条件:设定滑动条n,并根据其值控制不同立体图形的显示。例如,当n==1时显示圆柱,n==2时显示正三棱柱,n==3时显示圆锥;编写脚本,在滑动条更新时动态改变标题,以指示当前显示的立体图形。设置视图方向:使用SetViewDirection指令设置视图方向,以模拟三视图的观察角度;通过指定点或向量来调整观察角度,如使用向量向量)设置方向为从指向,以模拟某一视图方向。创建按钮:创建控制按钮,用于切换不同视图的显示,包括“复位”按钮以恢复初始视图;对于正三棱柱等特殊形状,可能需要额外的按钮或设置来调整其视图方向或显示方式。总结: 通过上述步骤,您可以利用GeoGebra软件轻松制作圆柱、正三棱柱、圆锥的三视图

麒麟操作系统怎么安装?

安装DAEMON Tools Lite: 1.下载并运行Daemon Tools Lite : 2.点击下一步: 3.点击我同意: 4.选择免费许可后,点击下一步: 5.勾选需要安装的项目,然后点击下一步: 6.点击跳过,或者下一步,即可跳过广告: 7.选择要安装Daemon Tools Lite的目标文件夹,点击安装: 8.耐心等待安装成功: 9.勾选运行DAEMON Tools Lite后,点击完成: 下载麒麟镜像文件 1.点击本文上方的电脑软件位置的下载按钮: 2.根据电脑自身配置,选择32位或者64位的麒麟系统下载: 3.选择保存镜像的位置后,点击 保存 : 4.耐心等待下载完成,然后双击打开该镜像文件: 5.DAEMON Tools Lite会自动将该镜像文件导入到虚拟光驱中: 6.在资源管理器中打开该虚拟光驱,如本文中的J分区: 7.将 wubi.exe 文件直接复制到镜像文件所在的位置: 8

如何进入纯DOS操作系统。

要进入纯DOS系统,你需要一张启动盘.启动盘有软盘启动和光盘启动(需要一个软驱),现在一般是光盘(需要光驱,不会没有吧?).在BIOS里面设置为光盘启动,然后放入windows98的系统安装盘,在启动的时候选择DOS方式启动. 设置光盘启动的方法:1.计算机启动的时候按住DEL键,进入BIOS. 2.选择Advanced BIOS Features选项. 3.“First Boot Device”项为设置第一启动盘项,“Second Boot Device”项为设置第二启动盘项,“Third Boot Device”项为设置第三启动盘项。 在这里我们将“First Boot Device”项设置为“CDROM”即光盘启动,“Second Boot Device”项设置为“HDD-0”即默认硬盘。 4.保存,重起计算机. 另外,还有一款小软件MaxDOS,可以让Win2000、XP不需要启动盘也能进入纯DOS状态